上海市腫瘤研究所成立于1958年，屬上海市衛(wèi)生局領(lǐng)導(dǎo)的獨(dú)立研究機(jī)構(gòu)。1980年經(jīng)世界衛(wèi)生組織（WHO）確認(rèn)為世界衛(wèi)生組織癌癥研究合作中心之一。1985年經(jīng)國(guó)家計(jì)委批準(zhǔn)建立癌基因及相關(guān)基因國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。1996年由國(guó)家科委與上海市科委共建基因治療研究中試上海基地。2003年經(jīng)教育部批準(zhǔn)，由上海市衛(wèi)生局與上海交通大學(xué)共建上海交通大學(xué)腫瘤研究所。
　　研究所的科研運(yùn)行機(jī)制是研究組長(zhǎng)負(fù)責(zé)制，現(xiàn)有腫瘤流行病學(xué)研究室和癌基因與相關(guān)基因國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，以及腫瘤功能基因研究組、腫瘤轉(zhuǎn)移研究組、腫瘤表觀遺傳學(xué)研究組、腫瘤分子病理研究組、腫瘤生物治療研究組、干細(xì)胞微環(huán)境研究組、腫瘤免疫調(diào)節(jié)研究組、腫瘤分子診斷研究組、腫瘤干細(xì)胞研究組、腫瘤靶向治療研究組、腫瘤基因組不穩(wěn)定性研究組和實(shí)驗(yàn)病理研究組等十三個(gè)課題組。全所現(xiàn)有工作人員119人，其中科技人員106人，有中國(guó)工程院院士3人，具高級(jí)職稱者23人。
　　研究所的方向和任務(wù)主要是惡性腫瘤的流行病學(xué)與病因?qū)W研究，腫瘤發(fā)病機(jī)理的探索以及發(fā)展基因診斷和基因治療、細(xì)胞及免疫學(xué)診斷和治療等生物高科技基礎(chǔ)及應(yīng)用研究，探索腫瘤防治的新途徑。癌基因與相關(guān)基因國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的主攻方向是研究與確定與癌發(fā)生發(fā) 展相關(guān)的癌基因、抑癌基因及其它調(diào)控細(xì)胞生長(zhǎng)的基因群，同時(shí)利用系統(tǒng)生物學(xué)理論來(lái)研究在癌發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)理及診斷、防治癌的新途徑。各研究室擁有一批先進(jìn)的科學(xué)儀器設(shè)備，具有較好的研究實(shí)驗(yàn)條件。先后與一些市級(jí)綜合性醫(yī)療單位、中國(guó)科學(xué)院生化、細(xì)胞研究所、復(fù)旦大學(xué)、交通大學(xué)、肝癌高發(fā)現(xiàn)場(chǎng)（啟東、扶綏）等建立了科研合作關(guān)系。
　　“八五”以來(lái)，我所先后承擔(dān)的國(guó)家項(xiàng)目有：“八六三”高新技術(shù)、國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究973）項(xiàng)目、國(guó)家攻關(guān)項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金重大項(xiàng)目等。此外，我所還與國(guó)內(nèi)外著名的大學(xué)、研究所聯(lián)合申請(qǐng)課題，進(jìn)行了多項(xiàng)國(guó)際合作研究。例如，與美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生院（NIH）/國(guó)立癌癥研究所（NCI）合作，在上海市區(qū)開(kāi)展大規(guī)模全人群流行病學(xué)調(diào)查。全所先后共發(fā)表1000余篇學(xué)術(shù)論文，取得重要成果68項(xiàng)，授權(quán)國(guó)家專(zhuān)利70項(xiàng)、國(guó)際專(zhuān)利4項(xiàng)。培養(yǎng)了博士后、博士、碩士等大批科研人才。
　　研究所與國(guó)內(nèi)外交往非常密切，歷年來(lái)已與20多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的科技人員進(jìn)行了學(xué)術(shù)交流，還聘請(qǐng)了多位國(guó)外著名專(zhuān)家任研究室顧問(wèn)。所內(nèi)研究人員也經(jīng)常應(yīng)邀前往世界許多國(guó)家和地區(qū)參加國(guó)際性學(xué)術(shù)會(huì)議、考察訪問(wèn)和合作研究等。
　　研究所自1979年起開(kāi)始招收生物化學(xué)及免疫學(xué)專(zhuān)業(yè)碩士研究生，學(xué)位由第二醫(yī)科大學(xué)授予；1983年-1987年又掛靠在上海醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院招收和培養(yǎng)流行病學(xué)與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)專(zhuān)業(yè)碩士研究生；自1992年起研究所開(kāi)始掛靠在復(fù)旦大學(xué)研究生院招收博士、碩士研究生； 2004年起研究所同時(shí)在上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院研究生院招生培養(yǎng)腫瘤學(xué)專(zhuān)業(yè)博士和碩士研究生。至今已培養(yǎng)和畢業(yè)了170名研究生。目前共有研究生導(dǎo)師11名（博士生導(dǎo)師7名、碩士生導(dǎo)師4名），招生專(zhuān)業(yè)為病原生物學(xué)、流行病學(xué)與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)和腫瘤學(xué)。
　　負(fù)責(zé)主辦的《腫瘤》雜志創(chuàng)刊于1981年，自1985年以來(lái)列為國(guó)家核心期刊之一， 2006年由雙月刊改為月刊。