南京大學(xué)模式動物研究所坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的金陵古都，位于南京國家高技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)，占地100畝。2001年12月，南京大學(xué)實施了總投資為5000萬元的國家“十五”科技攻關(guān)重點(diǎn)項目“國家遺傳工程小鼠資源庫的建立”，并相應(yīng)成立了南京大學(xué)模式動物研究所。

　　依托研究所建設(shè)的“模式動物與疾病研究教育部重點(diǎn)實驗室”于2008年4月通過教育部論證批準(zhǔn)籌建，于2009年5月通過建設(shè)期驗收。

　　研究所和重點(diǎn)實驗室一期建筑包括辦公實驗樓，小鼠飼養(yǎng)房和配電中心近8000平方米；SPF級小鼠籠位30000多個。中心擁有兩套轉(zhuǎn)基因顯微操作系統(tǒng)和完善的干細(xì)胞培養(yǎng)條件，擁有激光共聚焦顯微鏡、多功能試驗動物監(jiān)測系統(tǒng)、高分辨率小動物超聲影像系統(tǒng)、活體動物體內(nèi)光學(xué)成像系統(tǒng)等大型組織學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)儀器，擁有全套分子生物學(xué)常規(guī)設(shè)備。儀器固定資產(chǎn)超過4000萬元。