物流工程學院由機械工程系、工業(yè)工程系、電氣自動化系和機械工程設(shè)計研究所、電力傳動與控制研究所、港口集裝箱技術(shù)發(fā)展研究所組成。物流工程學院現(xiàn)擁有1個博士后流動站，1個博士點，8個碩士點，7個本科專業(yè)，可向海外招收留學生。港口機械電子工程、港航電力傳動與控制工程、物流管理與工程學科是上海市重點學科。物流工程專業(yè)、機械設(shè)計制造及其自動化專業(yè)屬上海市高校教育高地重點建設(shè)項目，機械設(shè)計制造及其自動化專業(yè)是國家級特色專業(yè)。
物流工程學院堅持學科建設(shè)以港航企業(yè)的技術(shù)創(chuàng)新為出發(fā)點，人才培養(yǎng)以港航企業(yè)的發(fā)展需要為目標的方針。學院具有雄厚的師資力量及教學科研能力，擁有正教授23名，其中上海市名師2名，全國優(yōu)秀教師1名，上海市勞動模范1名。學院與上海國際港務(wù)集團、振華重工、上海汽車集團、施耐德電氣中國有限公司等許多著名企業(yè)有長期的產(chǎn)學研合作關(guān)系，與美國、新加坡、荷蘭、日本、加拿大學、韓國等國外和香港著名高校有教學協(xié)作關(guān)系。
物流工程學院以物流工程為特色，加強機電合一，以培養(yǎng)應用、復合型技術(shù)人才為目標，注重教學質(zhì)量，畢業(yè)生受到用人單位的歡迎，畢業(yè)生就業(yè)率連年保持在96%以上。
機械類（大類招生）（機械類 理工 四年）
機械類包括機械設(shè)計制造及其自動化、機械電子工程（港口機械）兩個專業(yè)。以港口物流機械為特色，培養(yǎng)具有良好的道德修養(yǎng)、敬業(yè)精神、扎實的機械和相關(guān)學科專業(yè)知識及其應用能力，受企業(yè)歡迎的機械工程技術(shù)人才。
機械類學生第一年不分專業(yè)，第二年以先滿足優(yōu)秀生志愿為原則分配專業(yè)，機械高等制造及其自動化專業(yè)主要面向裝備制造業(yè)，機械電子工程主要面向大型港口的機械裝備維護。
主要共同課程：機械制圖、計算機輔助制圖、理論力學、材料力學、機械原理、機械設(shè)計、電工技術(shù)、電子技術(shù)、C語言。
機械設(shè)計制造及其自動化
培養(yǎng)具有機械設(shè)計制造及自動化基礎(chǔ)知識與應用能力，能從事物流裝備的設(shè)計制造、科技開發(fā)、安裝調(diào)試、應用研究、運行管理等方面的工程技術(shù)人才。本專業(yè)學生學習機械設(shè)計、制造、自動控制方面的基礎(chǔ)理論、基本技術(shù)和有關(guān)物流裝備的設(shè)計制造方法，受到現(xiàn)代機械工程師的基本訓練，到三年級分為兩個專業(yè)方向：物流裝備和先進制造技術(shù)。
主要課程：基礎(chǔ)課程有機械工程材料、機械控制工程基礎(chǔ)、機械制造基礎(chǔ)、微機原理及應用、CAD/CAM、測試技術(shù)等。專業(yè)課以物流裝備的設(shè)計、先進制造技術(shù)為主。通過專業(yè)課的學習，加深對技術(shù)基礎(chǔ)課的理解，掌握基本的專業(yè)知識，并了解其發(fā)展趨勢。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后主要面向機械裝備備制造企業(yè)從事裝備設(shè)計開發(fā)、制造、設(shè)備的規(guī)劃選型與調(diào)試安裝和生產(chǎn)組織等工作。
機械電子工程（港口機械）
機械電子工程專業(yè)是綜合機械、電子、控制技術(shù)為一體的工程技術(shù)專業(yè)。培養(yǎng)具有現(xiàn)代港口機械系統(tǒng)設(shè)計、控制基礎(chǔ)知識與應用能力，能在機電控制領(lǐng)域內(nèi)從事設(shè)計與技術(shù)開發(fā)、應用研究、運行管理等方面工作的、具有創(chuàng)新精神的復合型工程技術(shù)人才。本專業(yè)建立了以機械設(shè)計、電工技術(shù)、控制技術(shù)、計算機應用技術(shù)及相應實踐環(huán)節(jié)和綜合應用為主體的綜合課程體系，充分體現(xiàn)了機械、電子、控制、計算機等多學科知識相互融合，基礎(chǔ)理論與工程應用密切結(jié)合的現(xiàn)代技術(shù)教育特征。
主要課程：控制工程基礎(chǔ)、微機原理及應用、傳感器與檢測技術(shù)、機電傳動控制、可編程控制器、機電一體化導論、機電控制系統(tǒng)等。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后就業(yè)主要面向大型港口，從事港口機械裝備的設(shè)計開發(fā)、運行管理等技術(shù)工作。
工業(yè)工程（管理科學與工程類 理工 四年）
本專業(yè)培養(yǎng)具備現(xiàn)代化工業(yè)工程和系統(tǒng)管理等方面知識、素質(zhì)和能力，實現(xiàn)工程技術(shù)與企業(yè)管理有機結(jié)合，能在工商企業(yè)從事生產(chǎn)、經(jīng)營、服務(wù)等管理系統(tǒng)的規(guī)劃、設(shè)計、評價和創(chuàng)新工作的專門人才。
主要課程：工程制圖、工程力學、機械設(shè)計基礎(chǔ)、機械制造基礎(chǔ)、先進制造技術(shù)、人機工程學、企業(yè)管理、技術(shù)經(jīng)濟學、設(shè)施規(guī)劃與物流分析、運籌學、生產(chǎn)系統(tǒng)計劃與控制、質(zhì)量管理與可靠性、管理信息系統(tǒng)等。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后可在工商企業(yè)從事經(jīng)營系統(tǒng)、生產(chǎn)系統(tǒng)的規(guī)劃、設(shè)計、評價、創(chuàng)新和決策咨詢工作。
物流工程（交通運輸類 理工 四年）
本專業(yè)培養(yǎng)從事現(xiàn)代物流技術(shù)應用開發(fā)、策劃，物流系統(tǒng)設(shè)計、管理、營運，物流企業(yè)的管理、規(guī)劃、生產(chǎn)、經(jīng)營和銷售、計算機網(wǎng)絡(luò)物流信息傳輸技術(shù)及物流信息系統(tǒng)開發(fā)維護，具有跨越工學、管理學兩類學科的復合型專門技術(shù)人才。使學生具備一定的現(xiàn)代物流系統(tǒng)設(shè)計和現(xiàn)代物流技術(shù)應用開發(fā)能力，又了解一定的現(xiàn)代物流管理理論與方法，系統(tǒng)掌握物流系統(tǒng)工程集成技術(shù)并具有一定綜合運用能力。
主要課程：工程力學、電工技術(shù)、電子技術(shù)、機械設(shè)計基礎(chǔ)、運籌學、管理學、物流學、人機工程、計算機網(wǎng)絡(luò)與通信、物流管理信息系統(tǒng)、設(shè)施規(guī)劃與設(shè)計、物流中心規(guī)劃與運作、生產(chǎn)計劃與控制、物流機械設(shè)備、物流系統(tǒng)仿真。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后主要從事工商企業(yè)、交通運輸行業(yè)和物流相關(guān)部門的社會物流、生產(chǎn)物流和綠色物流方面的工程策劃、倉儲、配送、裝卸等工程技術(shù)設(shè)計、裝備選型與開發(fā)應用、管理和營運等工作。
電氣工程及其自動化（電氣信息類 理工 四年）
本專業(yè)培養(yǎng)能夠從事與電氣工程有關(guān)的系統(tǒng)運行、自動控制、電力電子技術(shù)、信息處理、試驗分析、研制開發(fā)、工程管理以及電子與計算機技術(shù)應用等領(lǐng)域工作的寬口徑復合型工程技術(shù)人才。
主要課程：電路原理、電機學、電子技術(shù)基礎(chǔ)、自動控制原理、計算機控制系統(tǒng)、微機原理與接口技術(shù)、電力電子技術(shù)、控制儀表、電力拖動控制系統(tǒng)、供配電系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)與通信等。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后，主要從事大型港航企業(yè)、海洋工程、造船企業(yè)、港機制造企業(yè)以及現(xiàn)代化船舶的電氣工程與自動化方面的運行管理、維修改造和開發(fā)研究工作,并能適應港口和工廠電氣工程及自動化方面的管理工作。
自動化（電氣信息類 理工 四年）
本專業(yè)培養(yǎng)能夠在運動控制、過程控制、電力電子技術(shù)、檢測與自動化儀表、電子與計算機技術(shù)、信息處理、管理與決策等領(lǐng)域從事系統(tǒng)分析、系統(tǒng)設(shè)計、系統(tǒng)運行、科技開發(fā)及研究等方面工作的工程技術(shù)人才。
主要課程：電路原理、電子技術(shù)、微機原理及接口、計算機軟件技術(shù)基礎(chǔ)、電機與電力拖動基礎(chǔ)、電力電子技術(shù)、自動控制理論、信號分析與處理、控制儀表、控制系統(tǒng)仿真、計算機網(wǎng)絡(luò)與通信、過程控制、計算機控制系統(tǒng)、集散控制系統(tǒng)、船舶控制系統(tǒng)、PCL原理及應用等。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后，主要從事現(xiàn)代企業(yè)生產(chǎn)和管理的自動控制、計算機系統(tǒng)集成技術(shù)、船舶自動化技術(shù)、交通運輸自動控制系統(tǒng)等方面的設(shè)計、管理維護工作。
測控技術(shù)與儀器（儀器儀表類 理工 四年）
本專業(yè)培養(yǎng)具有自動化儀表與裝置的設(shè)計、制造以及測量與控制方面的基礎(chǔ)知識和應用能力，掌握測量與控制領(lǐng)域內(nèi)（特別是涉及港航和船舶系統(tǒng)）的有關(guān)技術(shù)，具有儀器與系統(tǒng)的設(shè)計、開發(fā)、應用研究、運行管理等方面能力的工程技術(shù)人才。
主要課程：電路原理、電子技術(shù)、自動控制原理、微機原理及接口、信號與系統(tǒng)、檢測技術(shù)與傳感器、測控電路、誤差理論與數(shù)據(jù)處理、測量總線與虛擬儀器、光電檢測、控制系統(tǒng)仿真與CAD、PLC原理與控制、過程檢測與監(jiān)控系統(tǒng)、儀器儀表電子技術(shù)等。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后，主要從事航運和物流工程領(lǐng)域中的信息處理、測控、智能儀表和機電一體化等方面的設(shè)計、開發(fā)、應用研究與運行管理工作。
中荷機電工程學院
經(jīng)教育部2006年批準，上海海事大學與荷蘭澤蘭德大學（Hogeschool Zeeland）合作舉辦機械電子工程專業(yè)和電氣工程與智能控制專業(yè)兩個本科教育項目。中荷機電工程學院，承辦這兩個中荷合作本科專業(yè)項目。
荷蘭澤蘭德大學是荷蘭公立的應用科學大學，以工科和商科專業(yè)見長，設(shè)24個學士學位專業(yè)和4個碩士學位專業(yè)，在荷蘭乃至整個歐洲有良好的聲譽。
中荷合作的這兩個本科專業(yè)由上海海事大學和澤蘭德大學共同制定教學計劃，兩校的教師授課，基本采用國外教材，最后一年可到澤蘭德大學學習。
學生完成教學計劃后除可獲得上海海事大學的畢業(yè)證書和中華人民共和國學士學位證書外，還可獲得澤蘭德大學的課程證書，畢業(yè)后可到歐洲繼續(xù)深造或到歐洲企業(yè)就業(yè)。
機械電子工程（機械類 理工 四年）
機械電子工程專業(yè)是綜合機械、電子、控制技術(shù)為一體的工程技術(shù)專業(yè)。培養(yǎng)具有現(xiàn)代機電產(chǎn)品和系統(tǒng)設(shè)計、控制基礎(chǔ)知識與應用能力，能在機電控制領(lǐng)域內(nèi)從事設(shè)計與技術(shù)開發(fā)、應用研究，在企業(yè)負責設(shè)備運行管理和維護等方面工作的、具有創(chuàng)新精神和良好的英語溝通能力的復合型工程技術(shù)人才。
主要課程：電路與電子技術(shù)、機械設(shè)計基礎(chǔ)、工程材料與檢測技術(shù)、機械制造技術(shù)、控制工程基礎(chǔ)、微機原理及應用、傳感器與檢測技術(shù)、機電傳動控制、可編程控制器、機電一體化導論、機電控制系統(tǒng)、設(shè)備管理信息系統(tǒng)等。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后可到各類企業(yè)特別是外企、政府有關(guān)管理部門從事機電產(chǎn)品和系統(tǒng)的設(shè)計開發(fā)、運行管理、商務(wù)貿(mào)易等工作。
電氣工程與智能控制（電氣信息類 理工 四年）
本專業(yè)培養(yǎng)能夠在工業(yè)企業(yè)運動控制、過程控制、供電技術(shù)、檢測與自動化儀表、信息處理等領(lǐng)域從事系統(tǒng)分析、系統(tǒng)設(shè)計、系統(tǒng)運行維護、科技開發(fā)等方面工作的具有創(chuàng)新精神和良好的英語溝通能力的復合型工程技術(shù)人才。
主要課程：電路與電子技術(shù)、機械設(shè)計基礎(chǔ)、微機原理及接口、電機與拖動基礎(chǔ)、自動控制理論、傳感器與檢測技術(shù)、設(shè)備信息管理系統(tǒng)、智能化控制系統(tǒng)、液壓與氣動等。
就業(yè)方向：學生畢業(yè)后，主要從事現(xiàn)代企業(yè)特別是外企的生產(chǎn)和管理的自動控制、電氣設(shè)備的系統(tǒng)控制和運行維護等方面的工作。