中醫(yī)系成立于2004年軍隊編制體制調(diào)整之際，目前已躋身國家教育部中西醫(yī)結(jié)合重點學(xué)科二期建設(shè)、國家“211工程”重點學(xué)科三期建設(shè)。是解放軍中醫(yī)腫瘤研究所、上海市綜合性醫(yī)院示范中醫(yī)科、國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室、中西醫(yī)結(jié)合博士后流動站，博士、碩士、本科生培養(yǎng)點，也是軍隊唯一承擔(dān)中醫(yī)外訓(xùn)任務(wù)的單位。 學(xué)科已形成以中西醫(yī)結(jié)合防治腫瘤、糖尿病、婦科病為特色、學(xué)科全面發(fā)展的格局。學(xué)科帶頭人擔(dān)任中國中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會副會長、軍隊中醫(yī)藥學(xué)會副會長、上海市中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會副會長等職。先后有2人進(jìn)入軍隊“拜院士為師”中醫(yī)藥學(xué)科帶頭人培養(yǎng)計劃，1人獲批總后科技銀星，1人進(jìn)入上海市醫(yī)學(xué)領(lǐng)軍人才培養(yǎng)計劃，5人次當(dāng)選為國家和軍隊各級學(xué)會會長、副會長，已擁有國家杰出青年基金獲得者、軍隊中醫(yī)藥“國醫(yī)名師”、上海市名中醫(yī)、學(xué)校特級教員各1名，學(xué)校A級教員7名，優(yōu)秀本科生導(dǎo)師5名。 4人入選上海市青年科技啟明星培養(yǎng)計劃，承擔(dān)包括國家科技部重大專項課題、國家自然科學(xué)基金重點項目及重大國際合作項目、國家科技部“十一五”支撐計劃、軍隊“十一五”軍事專項、上海市基礎(chǔ)重點課題在內(nèi)的科研項目70項，總科研經(jīng)費2485.8萬元。在國際學(xué)術(shù)交流方面先后與美國、德國、澳大利亞等國的4個學(xué)校和研究所建立了長期的學(xué)術(shù)交流與科研合作關(guān)系。 本學(xué)科先后招收中西醫(yī)結(jié)合專業(yè)博士生42名、碩士生91名，研究生教育培養(yǎng)質(zhì)量水平高。已畢業(yè)的26名博士生中，先后有12人走上了科主任工作崗位，有3名博士生、1名碩士生進(jìn)入上海市青年科技啟明星人才培養(yǎng)計劃，3名博士生進(jìn)入上海市優(yōu)秀青年醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)計劃，3名留校博士生被評為我校A級優(yōu)秀教員。