海軍醫(yī)學系創(chuàng)建于1960年，是我軍唯一的航海醫(yī)學高層次人才的培養(yǎng)基地，是我軍軍事航海醫(yī)學重要科研場所，是海上作戰(zhàn)衛(wèi)勤保障重要教學訓練中心。49年來共為軍地培養(yǎng)海軍軍醫(yī)和其他衛(wèi)生專業(yè)人才9000余名，其中中國工程院院士、現(xiàn)第二軍醫(yī)大學副校長曹雪濤，原第二軍醫(yī)大學校長李家順等均畢業(yè)于我系，原國家衛(wèi)生部部長張文康、總后衛(wèi)生部部長韓光等先后擔任過我系潛水醫(yī)學教研室主任。 目前海醫(yī)系編制5個教研室、1個中心（軍隊衛(wèi)生學教研室、防化醫(yī)學教研室、軍事航海醫(yī)學教研室、潛水醫(yī)學教研室、防原醫(yī)學教研室和高壓氧醫(yī)學中心）。現(xiàn)有國家重點學科2個（航海醫(yī)學、放射醫(yī)學），軍隊“2110工程”重點建設學科1個（軍事航海醫(yī)學）。博士學位授權學科4個（航海醫(yī)學、軍事預防醫(yī)學、放射醫(yī)學和營養(yǎng)與食品衛(wèi)生學）。擁有教授11名，副教授13名，其中博士生導師6名，碩士生導師11名。國家有突出貢獻中青年專家1名，享受政府特殊津貼專家2名，中國青年科技獎獲得者1名，總后“科技新星”2名，總后優(yōu)秀教師3名，總后育才金獎獲得者2名、銀獎獲得者12名，校特級優(yōu)秀教員2名、A級優(yōu)秀教員13名。 在大深度潛水醫(yī)學、海上作戰(zhàn)衛(wèi)勤保障、抗暈船抗航海疲勞、海洋生物傷防治等重要領域，形成特色與優(yōu)勢，承擔并攻克多項國家和軍隊醫(yī)學保障難題。建系以來獲軍隊科技進步二等獎以上成果62項，軍隊科技進步三等獎170項，其中僅“十五”以來獲國家科技發(fā)明二等獎1項、國家科技進步二等獎2項、上海市科技進步一等獎1項、國家發(fā)明專利金獎1項、上海市醫(yī)學科技一等獎1項、軍隊科技進步二等獎5項，發(fā)表學術論文500余篇。2001年打破飽和-巡回潛水國內海上實潛記錄。 目前承擔的國家、軍隊重大科研任務項目數(shù)量多、層次高，共承擔各類科研課題91項，其中：國家科委軍特藥重大專項和973計劃課題6項，國家自然科學基金29項，國防和軍事課題25項，上海市課題等其他科研課題31項，科研總經(jīng)費達3742.8萬元。 我系已建成有特色鮮明的軍隊和學校重點實驗室4個：潛水醫(yī)學保障與潛水疾病實驗室，運動病和分子營養(yǎng)實驗室，海洋生物傷和化學毒劑防護實驗室，核潛艇損傷醫(yī)學防護實驗室等，面積3835平方米；擁有潛艇艇員脫險訓練系統(tǒng)，輻照裝置，潛水加壓艙系統(tǒng)等大型教研設施，設備共700余件，總價1200多萬元。 自2004年以來已培養(yǎng)、畢業(yè)博士33名，碩士58名，在讀研究生共55名；實驗室為提高培養(yǎng)質量，鼓勵優(yōu)秀研究生出高水平論文，近五年來已擇優(yōu)資助博士6人次，碩士26人次，總經(jīng)費達32萬元，取得顯著成效，已經(jīng)獲得上海市優(yōu)秀博士學位論文1篇。畢業(yè)的研究生許多已經(jīng)成為海軍部隊衛(wèi)生領域科室領導、學術帶頭人或技術骨干，在培養(yǎng)我軍航海特殊環(huán)境醫(yī)學防護高層次醫(yī)學人才方面發(fā)揮核心基地作用。