2007年，教育部公布新的國家重點學(xué)科名單。本輪國家重點學(xué)科建設(shè)首次設(shè)立一級學(xué)科國家重點學(xué)科。清華大學(xué)，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院—清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部共有一級學(xué)科國家重點學(xué)科22個，二級學(xué)科國家重點學(xué)科15個，國家重點（培育）學(xué)科2個。名單如下：
一級學(xué)科國家重點學(xué)科（22個）：
數(shù)學(xué)
物理學(xué)
生物學(xué)
力學(xué)
機械工程
光學(xué)工程
材料科學(xué)與工程
動力工程及工程熱物理
電氣工程
電子科學(xué)與技術(shù)
信息與通信工程
控制科學(xué)與工程
計算機科學(xué)與技術(shù)
建筑學(xué)
土木工程
水利工程
化學(xué)工程與技術(shù)
核科學(xué)與技術(shù)
生物醫(yī)學(xué)工程
管理科學(xué)與工程
工商管理
藥學(xué)

二級學(xué)科國家重點學(xué)科（15個）：

數(shù)量經(jīng)濟學(xué)
設(shè)計藝術(shù)學(xué)
專門史
分析化學(xué)
精密儀器及機械
環(huán)境工程
免疫學(xué)
病理學(xué)與病理生理學(xué)
內(nèi)科學(xué)
皮膚病與性病學(xué)
影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)
外科學(xué)（骨外、胸心外）
婦產(chǎn)科學(xué)
腫瘤學(xué)
麻醉學(xué)

國家重點（培育）學(xué)科（2個）：
物理化學(xué)（含化學(xué)物理），外科學(xué)（普外）