日本京都大學(xué)主張獨(dú)立自主辦學(xué)。日本京都大學(xué)自古以來(lái)就有獨(dú)立自主辦學(xué)的優(yōu)良傳統(tǒng)，建校初始，當(dāng)時(shí)的文部大臣和京都大學(xué)的首任校長(zhǎng)木下廣次就強(qiáng)調(diào)京都大學(xué)一定要辦出自己的特色。要“比東大更尊重學(xué)生的獨(dú)立自主精神”。1913年，抗議校長(zhǎng)獨(dú)斷專行的“柳澤事件”，導(dǎo)致了校長(zhǎng)選舉制度的產(chǎn)生;1928年，法學(xué)部瀧川教授被解雇引起全校沸騰，抗議軍國(guó)主義踐踏民主和對(duì)愛國(guó)教師的迫害。為了探求真理就要爭(zhēng)取自由研究的權(quán)利，同樣也只有有了這種權(quán)利才能保證自由學(xué)風(fēng)的實(shí)行。有的京大學(xué)生說(shuō)：“在這里學(xué)習(xí)有種自由感，校方在學(xué)習(xí)和生活上從不施加過(guò)多的壓力，有志者致學(xué)，無(wú)志者盡興，各聽其便，互不干擾。”因此，日本國(guó)內(nèi)就有一種流行的說(shuō)法：“想讀書就去京都大學(xué)。”

　　這種學(xué)風(fēng)體現(xiàn)在教學(xué)上就是彈性的管理原則，京都大學(xué)全校實(shí)行選課制，這個(gè)制度是法學(xué)部在20年前創(chuàng)設(shè)的。據(jù)此學(xué)生可以打破學(xué)年的界限，只要取得規(guī)定的學(xué)分就可以畢業(yè)，且取得學(xué)分不一定要經(jīng)過(guò)考試，撰寫論文報(bào)告亦可取得學(xué)分。以理學(xué)部為例，在兩年的專業(yè)課程的學(xué)習(xí)中，由學(xué)生自己選擇最適合的專業(yè)基礎(chǔ)課程組合學(xué)習(xí)，然后再確定重點(diǎn)專業(yè)方向。專業(yè)基礎(chǔ)課程組合分為數(shù)學(xué)類、物理類、化學(xué)類、生物類四大塊，由學(xué)生任選一塊。兩年專業(yè)課程組合分下列四種類型搭配：自然科學(xué)展望、共同基礎(chǔ)學(xué)科、專業(yè)基礎(chǔ)、專業(yè)課。對(duì)外來(lái)的留學(xué)生、本科生實(shí)行自由轉(zhuǎn)學(xué)和互換學(xué)分的制度。

　　自由的學(xué)習(xí)氣氛和嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膶W(xué)風(fēng)并不矛盾，學(xué)校始終認(rèn)為：學(xué)習(xí)是自愿自覺(jué)的行動(dòng)，要靠自己的責(zé)任感和不懈的努力，京都大學(xué)的特色就是要培養(yǎng)具有獨(dú)立思考和判斷能力的人。因而在這種學(xué)術(shù)氛圍里用不著擔(dān)心這種“過(guò)分”的彈性會(huì)導(dǎo)致放任自流。事實(shí)上，在京大要想拿到學(xué)位要比其他學(xué)校(包括東大)困難得多。同時(shí)，京都大學(xué)位于日本歷代的古都，有著悠久的日本傳統(tǒng)歷史和文化;遠(yuǎn)離首都的政治中心和繁華的大城市，為學(xué)者準(zhǔn)備了潛心治學(xué)的理想場(chǎng)所;優(yōu)美的校園自然環(huán)境;京都人那種“優(yōu)哉游哉”的生活方式，這些獨(dú)特的學(xué)術(shù)環(huán)境與京都大學(xué)成果累累、人才薈萃都是分不開的。